醫院始建于1950年3月，當時稱懷化縣衛生院，56年更名為懷化縣人民醫院，83年縣改市稱懷化市人民醫院，98年撤地改市，升格為現在的地級懷化市第三人民醫院。經過50多年的發展，現已成為一所集醫療、教學、科研于一體的現代化綜合性醫院。1994年該院在全省同級醫院中首批通過“二甲”評審，是中南大學湘雅醫學院實習醫院、南華大學教學醫院、懷化醫專附屬醫院，先后被授予全國衛生系統先進集體，省、市文明建設先進單位，市科技興院先進單位，花園式單位等榮譽稱號。

2008年12月順利通過湖南省衛生廳的三級醫院驗收，成為國家三級醫院。